身在罗马的教皇英诺森三世根本没有把腓特烈放在眼里，但他还是采取了行动。他把过去对萨克森公爵奥托的暗中支持变成了公开支持。长年以来，奥托的敌手一直是腓特烈的叔父菲利普。尽管菲利普被暗杀之后教皇只得选择奥托，但萨克森公爵奥托本来就是教皇派的头目。教皇预料，这个奥托不会把手伸向意大利，也不会把西西里王国弄到手后南北夹击位于意大利中部的教廷领土。对罗马教皇来说，没有比德意志和意大利同时归于一个君主之手更可怕的了。

1209年10月，罗马迎来了从德意志南下的奥托，教皇为他举行了神圣罗马帝国皇帝的加冕典礼。教皇英诺森三世见这位正式当上皇帝的奥托比自己年轻27岁，他一定觉得北有德意志的奥托，南有西西里王国的腓特烈，罗马处于两者中间便可安泰无忧，而且这样的状态会延续一段时间。分而治之是古罗马的统治原则。加冕典礼前，教皇要求奥托承诺不向意大利伸手。

13世纪初的欧洲

可是，加冕典礼一结束，新皇帝奥托就把承诺忘到了脑后。与其说他忘记了承诺，不如说他这匹狼脱下了披在身上的羊皮更为确切。新皇帝的野心首先指向与教廷领土北部接壤的托斯卡纳，紧接着就把军队开进了属于西西里王国领土的意大利南方。

教皇对奥托感到震怒，但罗马教皇没有自己的军队。正因为宗教组织不能拥有军事力量，才会有他们自己的“武器”。这“武器”拯救了已经穷途末路的腓特烈。奥托的军队已相继占领了腓特烈的领地卡普亚、那不勒斯、萨莱诺和阿马尔菲。

第二年，1210年10月，罗马教皇英诺森三世宣布开除神圣罗马帝国皇帝奥托四世的教籍。

教皇对奥托违反承诺感到愤怒，但一年之后才开除他的教籍。其中的原因在于：第一，寻找替代奥托的人遇到麻烦；第二，教廷害怕留在意大利半岛为所欲为的奥托军队。尽管如此，教皇也得赌上“太阳”的权威断然出手处置“月亮”。

不过，这时开除教籍并没有产生立竿见影的效果，奥托根本不在乎开除教籍之类的处罚。他在古罗马时代的古都卡普亚享受着南欧温和的暖冬。教皇打算换马，把奥托换成腓特烈。腓特烈尽管也在南欧，却根本无法享受暖冬，每天都在为自己国家的防御而奔走。

直到1211年，在罗马加冕两年、被开除教籍一年以后，奥托才和自己的军队一起返回了德意志。这并不是因为他开始在意被开除教籍的影响，而是因为德意志内部反奥托运动开始蔓延，他无法不闻不问了。这人作为武将能力非凡，但不知道为什么在诸侯和士兵中却毫无威信。这与英国狮心王理查受到了从诸侯到士兵由衷欢迎的情形正好相反。因为沾亲带故，奥托从少年时代起就一直崇拜着狮心王理查。