本能寺内的战斗在极短时间之内结束了，信长以下七十余名近侍、随从、女佣全员战死，无一生还。

一方面，妙觉寺内的信忠，接到京都所司代村井贞胜传来的光秀谋乱报告后，急忙率领众侍卫前去救援。

信忠一行赶到二条城时才发现，明智大军早已将这里围了个水泄不通。信忠救父心切，奋勇杀敌，然而寡不敌众，始终无法冲出包围圈。眼看侍卫一个个倒下，为不落入光秀手中受辱，信忠在家将镰田新介帮助下（介错），切腹自尽身亡。

六月二日午前九时，一切都结束了。

光秀大喜之余，忽然发现作兵卫并没有提头来见，随即将脸色沉了下来。在没有见到信长首级之前，他不敢轻易相信信长真的已经死了。

“一定要找到信长的尸体！”

光秀不顾烈火余燃未烬，亲自率众家将闯入本能寺废墟中搜寻信长尸体。

寺内到处都是被烧焦的尸骨，不但分不出敌我双方，就连年龄、性别也无法辨认。众家将费了好大功夫，总算在内堂走廊处发现一具无头焦骨。由于此处和作兵卫报告的信长死地相符合，因此没有人怀疑这不是信长的遗骸。

任凭光秀令明智军将内堂里里外外搜了三遍，依然没有信长的首级。

莫非森兰丸等人临死前将首级埋在地下了？抑或是有人成功脱逃，带走了信长的首级？但光秀认为这些假说都没有足够说服力，据作兵卫报告：信长首级出奇的重，抱着信长首级的他，竟然一步都无法挪动。

光秀百思不得其解，终于决定不再追究，他安慰作兵卫说：

“算了，你已经尽力了。”

话虽这么说，但光秀心里还是有些放心不下。他害怕信长突然从废墟中冲出来向自己讨命，没有找到首级，他总是不敢相信信长真的已经死了。

信长真的死了，但首级的下落却成了千古之谜，至今仍然没有令人信服的考证结果。

讨伐信长成功后，光秀将下一个目标指向心仪已久的安土城。

斋藤利三对此深感担忧：

“现下当务之急是尽快歼灭在中国作战的秀吉，荣华富贵留待日后再享受也不迟呀！”他进言道。

“秀吉现在正和毛利军乱战一团，根本无法脱身。都内平定是件大事，一刻都不能耽搁！”光秀用奇怪的眼神望着利三，没好气地说道。

“在下以为：右大臣（信长）帐中，真正可怕的宿将只有秀吉一人。即使现在讨伐右大臣成功，只要秀吉还活着一天，主公统一天下的宏愿就无法得到实现。当务之急应趁热打铁，率军直下中国，呼应毛利军里应外合夹击秀吉。如此一来，秀吉纵然插翅也难飞出主公的手掌。秀吉一除，柴田、佐佐木、前田、泷川、丹羽等皆不足惧。主公胸怀奇略，深谋远虑，这些人又岂会是主公的对手？届时天下都归主公所有，还在乎一个区区安土城吗？眼下应不惜一切手段、代价，尽早讨伐秀吉以绝后患。为了主公的江山，为了明智家的大业，还请主公三思呀！”利三情到深处，激动得流下了眼泪。

“你好像很看得起秀吉呀。真不知道那家伙除了溜须拍马还能干些什么！信长活着的时候他都不能把我怎样，现在信长已死，我难道还怕他吃了我不成？荒唐！笑话！再说一遍：现在当务之急是尽快平定都内骚动，然后联盟我家亲党共商大业，平分天下！”光秀斥退利三，一意孤行先要平定都内骚动。

其实光秀说的只是气话，他从来没有将秀吉作为一个只会溜须拍马的小人看待。秀吉是个不简单的人物，光秀对他也是提防已久。但眼下的光秀被胜利冲昏了头，压根没有料到此时秀吉和毛利已达成和议，正飞速向都内杀回。

由于信长的赏识提拔，秀吉在极短时间内一跃而起，取得和织田家中诸大老、宿将平起平坐的地位。许多人不服，以为他只是个溜须拍马的小人。但光秀不这样认为，他知道秀吉是扮猪吃虎的角色，当着信长面前的阿谀奉承无非是为了掩盖其庞大的野心。因此，他甘愿受辱，忍耐了许多常人无法想象的屈辱。光秀很佩服秀吉的“傻瓜”演技，认为成大事者就应不拘小节。

毛利家也是个厉害的角色，光秀相信秀吉短时间一定无法脱身。他打算待平定都内骚动后，再联合毛利军里应外合，一举将秀吉军团全部歼灭。

光秀最大的失误是低估了秀吉的能力。